1 сентября 1960 года открылась школа №5.

Первый директор - ЖАКОВ  Павел Георгиевич. В школе 35 педагогов и 1300 учащихся 1-7 классов.

В 1969 году школа переименована в среднюю школу №5. Директор - ПЕТРУСЕНКО Михаил Григорьевич.

С 1983 года внедряется новая форма воспитательной работы - коллективные творческие дела под руководством ЧЕКРЫГИНОЙ Татьяны Ивановны.

В 1990 году директором школы назначен СЕРГЕЕВ Николай Иванович.

В 1992 году средняя школа №5 переименована в гимназию №5, организованы гимназические классы.

В 2002 году гимназия переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение "Лицей №5" города Губкина Белгородской области.

В 2011 году муниципальное общеобразовательное учреждение "Лицей №5" города Губкина Белгородской области переименовано в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение "Лицей № 5" города Губкина Белгородской области.